Die Paderborner Naturschule wurde 2009 von der Naturschutz-Stiftung Senne initiiert. Die Naturschutz-Stiftung Senne fördert neben Projekten der Umweltbildung, Maßnahmen des Naturschutzes und der Landschaftspflege sowie historische Landnutzungsformen. Darüber hinaus ist das Ziel der Stiftung der Kauf oder die Pacht von Flächen für den Naturschutz, die Erhebung biologisch/ ökologischer Grundlagendaten und die Unterstützung von informativer Öffentlichkeitsarbeit.
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Großzügig finanziell unterstützt wurde das Projekt durch die Stiftung der Sparkasse Paderborn-Detmold.